Pimpinan STIKES
STIKes Al-Ma’arif Baturaja dipimpin oleh seorang Ketua yaitu Ketua STIKes Al-Ma’arif Baturaja yang dipilih oleh Senat STIKes Al-Ma’arif Baturaja.
Dalam menjalankan tugasnya Ketua STIKes dibantu oleh tiga orang Wakil Ketua STIKes yaitu :
1. Wakil Ketua I (WAKET I) Bidang akademik
2. Wakil Ketua II (WAKET II) Bidang Administrasi Umum, Kepegawaian, dan Keuangan
3. Wakil Ketua III (WAKET III) Bidang Kemahasiswaan


